A Santa Casa de Misericórdia de Mogi das Cruzes fica em um prédio de três andares, opera atualmente com 182 leitos, atende em média aproximadamente 1.100 pacientes/dia, entre pacientes do Sistema Único de Saúde (SUS) e particulares e outros convênios. Realiza cerca de 490 cirurgias/mês, 450 partos/mês e aproximadamente 6 mil exames de imagem dentro do serviço de medicina diagnóstica, cerca de 90 mil exames laboratoriais/mês.

Está assim distribuido:

Térreo – recepções, salas de atendimentos médicos e exames, central de vagas, serviço social, sala de exames, pronto socorro de urgências e emergências e Ambulatório de Especialidades e Ortopedia

Primeiro Andar – Unidade I, Unidade 2, Unidade 3 , Pediatria e Clínica Médica e Clínica Cirúrgica

Segundo Andar – Unidade 4, Centro Cirúrgico, UTI Adulto, Maternidade, Alojamento Conjunto

Terceiro Andar – Centro Obstétrico, Obstetrícia, Berçário, UTI Neonatal e Ala Particular.